Monfragüe es uno de los parajes menos alterados y más representativos del bosque mediterráneo. La particular disposición de sus sierras conforma dos laderas claramente diferenciadas: la umbría y la solana, donde predominan las extensas dehesas de encinas y alcornoques.

Los arroyos y gargantas se encuentran tapizados de un bosque de galería compuesto por alisos, sauces y fresnos; mientras las rocas se encuentran cubiertas por líquenes y musgos y crecen sobre ellas algunas especies como enebros y helechos. Junto a esta vegetación natural el Parque presenta también grandes masas forestales repobladas con pino y eucalipto.