El agua dulce del Guadiana favorece el crecimiento de marjales de carrizo, mientras que el agua salobre del Cigüela favorece el crecimiento de la vegetación palustre, principalmente la masiega. El masiegal abunda extraordinariamente, y es el más extenso de los que aún subsisten en Europa Occidental.

En las áreas menos profundas encontramos amplios grupos de aneas, bayuncos, castañuelas y juncos.
Una de las formaciones más característica del Parque Nacional son las praderas de carófitos, conocidas localmente como ovas, y que pueden forma un tapiz casi continuo en los fondos inundados. Esporádicamente, en las orillas de alguna de sus islas, crecen los tarajes, única especie arbórea del parque nacional.