El archipiélago de Cabrera, juntamente con las aguas y los fondos marinos que le rodean, constituyen uno de los espacios naturales mejor conservados del Mediterráneo, rebosante de vida, tanto marina como terrestre. Entre las aves marinas destacan la pardela balear, la gaviota de Audouin, la pardela cenicienta y el cormorán moñudo; y entre las rapaces, el águila pescadora, el halcón marino (o halcón de Eleonor) y el halcón peregrino.

La lagartija balear presenta en el archipiélago hasta once subespecies, a los que hay que añadir más de 500 especies de fauna marina que habitan en su fondo y el paso de más de 130 especies de aves migratorias.