El Parque Nacional de Aigüestortes i Estany de Sant Maurici presenta una gran diversidad biológica. La vegetación está formada sobre todo por bosques de pino silvestre, pino negro y abeto, con abundantes pastizales. También hay, más diseminados, bosques de abedules y hayas. Hongos, algas, musgos y líquenes enriquecen todavía más este espacio.

En los prados se hallan numerosas especies de flora alpina destacando las gencianas, el ranúnculo de los Pirineos y el musgo en flor. También tienen mucha importancia las especies vegetales presentes en las turberas y en los lagos como la hierba lagunera y las diferentes orquídeas.