Inaugurado en 1928 es, por sus dimensiones y por su colección histórica, uno de los mejores de Europa. Creado por iniciativa de la Sociedad Oceonográfica de Guipúzcoa, fue el primer museo dedicado a las ciencias naturales que se fundó en España. En 1998 se amplió y, entre otras muchas mejoras, se construyó un túnel de más de 30 metros que atraviesa una gran pecera que contiene casi dos millones de litros de agua. Además, ofrece la oportunidad de realizar inmersiones los sábados por la mañana. Cuenta con tienda y el prestigioso restaurante Bokado, del mismo grupo que los que acogen el Acuario Fluvial de Zaragoza y el Museo del Traje de Madrid.