La riqueza y la belleza del abundante material precolombino son los principales atractivos de este centro. En él se pueden admirar piezas magníficas, como el tesoro colombiano de los Quimbayas, el códice maya Trocortesiano, el códice azteca de Tudela, la estela de Madrid (uno de los bajorrelieves que sostenían el trono del Palenque) o el kero (vaso de madera) inca con forma de jaguar. Situado en la Ciudad Universitaria, el museo ocupa un edificio contemporáneo con reminiscencias de la arquitectura misionera y colonial en el Nuevo Continente.