Instalado en el palacio de los Condes de Paredes, en el que San Isidro vivió como criado de don Iván de Vargas, el Museo de los Orígenes conserva todavía el pozo en el que el santo labrador salvó a su hijo de morir ahogado. Exhibe una importante colección de restos paleontológicos y arqueológicos de Madrid, que dan buena cuenta de los antecedentes históricos y prehistóricos de este territorio próximo al río Manzanares. La capilla de la Casa de San Isidro, reformada en el siglo XVIII sobre una anterior del XVII, ocupa el lugar en el que, según la tradición, vivieron San Isidro y su esposa, Santa María de la Cabeza.