El San José, de Ribera;  el Retrato de Isabel II, de Federico de Madrazo, el Retrato de Fernando Viscai, de Joaquín Sorolla o el Trípitico de Nava, de la escuela flamenca del siglo XVI, son las obras más sobresalientes de este museo. Además de guardar en depósito obras del Museo del Prado de Madrid de los siglos XVI, XVIII y XIX, en sus catorce salas se exponen cuadros de artistas como Peter Coeck, Ribera. También hay una amplia muestra de obras de artistas canarios, como Gaspar de Quevedo, Cristóbal Hernández de Quintana, Juan de Miranda y González Méndez, entre otros.