Es el museo más valioso de Pamplona y atesora una importante colección permanente compuesta por fondos arqueológicos que arrancan en el periodo prehistórico y de romanización de Navarra. Está instalado en el antiguo Hospital de Nuestra Señora de la Misericordia, del que sólo conserva la fachada plateresca y la capilla anexa, rehabilitada como sala de arte sacro renacentista y barroco. También exhibe obras de arte civil y religioso del periodo medieval y creaciones de artistas navarros de los siglos XIX y XX. De entre todas las piezas destaca la Arqueta de Leyre -singular pieza hispanomusulmana realizada en marfil-, el mosaico de Teseo y el retrato del Marqués de San Adrián, de Goya. La parte baja está dedicada a exposiciones temporales y conferencias. En el jardín que da a las murallas se exponen algunos mosaicos y restos arqueológicos.