El pequeño museo de la iglesia de Santo Tomé guarda el tesoro más importante relacionado con El Greco en Toledo: El entierro del Conde de Orgaz. Es una de las obras más relevantes del siglo XVI español y fue pintado por Domenico Theotocopuli entre 1586 y 1588. Andrés Núñez, párroco de esta iglesia, encargó la obra al artista cretense para ilustrar con toda la grandiosidad posible el milagro de la presencia de San Agustín y San Esteban en las honras fúnebres de don Gonzalo Ruiz de Toledo, señor de Orgaz, fallecido en 1323 después de numerosos trabajos en favor de los más necesitados. En la parte inferior, junto al fallecido y los santos, El Greco retrató con maestría el ambiente de su época, con algunos modelos -como Antonio de Covarrubias, el párroco, el propio artista o su hijo Jorge Manuel-, y extraordinarios detalles de ejecución en las vestiduras o en la armadura del difunto. En el plano superior, cerrado por un arco de medio punto, el cretense dejó plasmada su visión de la Gloria, con la Virgen y San Juan intercediendo por el alma del caballero.